Zadania Polskiej Akademii Nauk w zakresie kształcenia, w szczególności wobec doktorantów wykonują instytuty naukowe PAN. W prowadzenie studiów doktoranckich są zaangażowane 43 instytuty PAN. Studia doktoranckie rozpoczęte przed rokiem akademickim 2019/2020 prowadzi się na zasadach dotychczasowych, nie dłużej niż do 31 grudnia 2023 r.
W 2021 roku już 60 instytutów PAN zaangażowanych było w prowadzenie lub współprowadzenie 23 szkół doktorskich. Szkoły te są wspólnie prowadzone przez instytuty PAN oraz wspólnie z uczelniami i instytutami badawczymi. Najszersze grono instytutów PAN tworzących szkołę liczy 9 jednostek PAN. W dalszym ciągu podejmowane są działania zmierzające do rozszerzenia oferty szkół doktorskich, także w dyscyplinach naukowych, które nie były dotychczas proponowane w ramach kształcenia.